Aux heures de pointe en semaine (7h-9h et 17h30-19h30 environ), certaines lignes de métro et de train à Tokyo peuvent atteindre près de 200% de leur capacité, au point que du personnel aide parfois à pousser les passagers pour fermer les portes. Pour un trajet plus confortable avec des bagages, privilégier les horaires entre 10h et 16h ou après 20h.
La carte à puce Suica ou Pasmo est indispensable pour se déplacer à Tokyo : elle fonctionne sur pratiquement tous les trains, métros et bus de la ville, sans avoir à réfléchir aux tarifs à chaque trajet. La version touristique Welcome Suica coûte environ 1500 ¥ et ne nécessite pas de caution, contrairement à la carte Suica classique.
Les cerisiers (sakura) fleurissent généralement fin mars à début avril, avec des lieux emblématiques comme le parc d'Ueno, la rivière Meguro ou le jardin Shinjuku Gyoen. Les couleurs d'automne sont également remarquables, généralement à la mi ou fin novembre, notamment dans les jardins de Rikugien et Shinjuku Gyoen. Les dates exactes varient chaque année selon la météo.
Les konbini (supérettes de proximité comme 7-Eleven, Lawson ou FamilyMart) sont une ressource précieuse à Tokyo : ouverts 24h/24, ils proposent des repas simples et bon marché (onigiri, bento, sandwichs) d'une qualité largement supérieure à l'image habituelle d'une supérette. Compter environ 30 à 35 € par jour pour la nourriture et les transports, hors hébergement.